Труды ИОФАН были основаны в 1986 г. по инициативе директора института академика А.М. Прохорова, главного редактора этого издания. С 2002 г. главным редактором Трудов ИОФАН является академик РАН И.А. Щербаков.
Журнал выходит 6 раз в год на английском языке.
Издателем журнала является американское издательство Pleiades Publishing, распространителем — издательство Springer.